La Prairie a vu trois églises se bâtir sur son territoire. La première est une chapelle en bois construite en 1687 dans l'enceinte des murs fortifiés de la ville. Devenue trop petite et insalubre, la fabrique décide, en 1702, de la démolir et d'en construire une à compter de 1704. Cette première église de la Nativité était plus vaste que la chapelle de bois et tournée vers le fleuve afin de permettre aux marins de s'orienter grâce au clocher. Cependant, en raison de l'essor économique que connaît La Prairie entre autres avec l'arrivée du train en 1836, la fabrique veut exprimer la richesse de la ville par une église majestueuse qui sera érigée en 1840-1841 et qui, contrairement à la précédente, n'est plus tournée vers le fleuve. La façade de l'église actuelle se trouve sur le chemin Saint-Jean. Elle a été inaugurée en 1841. L'édifice monumental est construit sur une partie de l'emplacement de l'église de 1704. Mgr Bourget insiste pour que l'on construise un temple qui peut recevoir 900 fidèles. La construction est attribuée à l'architecte Pierre-Louis Morin qui s'inspire du style roman néo-classique européen. En 1856, la nouvelle façade de Victor Bourgeau est achevée